W polu błękitnym pantera ze skrzydłami, ogonem, szyją i tułowiem smoka, wspięta, srebrna w uzbrojeniu złotym, ziejąca takimż płomieniem, trzymająca w obu łapach takież berło rektorskie w słup. W klejnocie nad hełmem przykrytym czapką studencką dwa skrzyżowane berła zwieńczone szyszkami chmielowymi, złote. Labry błękitne, podbite srebrem. Dewiza: IN VARIETATE UNITAS
Droga do obecnego herbu była długa i kręta – jego pierwsza wersja powstała jeszcze na początku istnienia Bractwa. Według pierwotnego pomysłu Tadeusza Hessela w tarczy herbowej znajdował się Smok Wawelski (postać z Porwania Baltazara Gąbki) w medycznej, czerwonej czapce na głowie. Obok niego stała beczka piwa, na tarczy herbu wisiała ponownie czapka wydziału lekarskiego, a ze wstęgi pod herbem z napisem BCS wyrastały dwa pawie pióra, nawiązujące do folkloru studenckiego.
W wersji ostatecznej w tarczy herbowej znajduje się Smok Wawelski trzymający w jednej łapie kufel piwa – nieodłączny atrybut studenckości, a w drugiej czaszkę, która – wraz ze znajdującą się obok laską Eskulapa/Asklepiosa – stanowi symbol medycyny (kierunku studiów założycieli Bractwa Czapki Studenckiej). Smok ma na głowie czapkę studencką – właśnie z wydziału medycyny. Napis pod wstęgą z piórami pozostał bez zmian. Autorem obu koncepcji jest Kamil Szczupak.
W 2014 roku światło dzienne ujrzał nowy herb, zaprojektowany przez Zofię Krasińską-Krawet:
Tarcza herbowa – jej kształt jest wzorowany na tarczy herbu i logotypu Uniwersytetu Jagiellońskiego. Jest to jedna z podstaw świadcząca o pochodzeniu. Tarcza jest wielopolowa, o rozmieszczeniu elementów podobnym do stylów „w krzyż skośny” lub „w rosochę”.
Grafika zawiera również berło podobne do tego, które widnieje na logotypie UJ, także skośne, jednak krótsze ponieważ ma zaznaczać nasze tło historyczne.
Na pierwszy plan wysunięty jest smok warujący nad pieczarą. To znów ma bezpośredni związek z Krakowem, czyli miejscem narodzin BCS UJ. Warto zauważyć, że pieczara ta mieści się nie w murach zamkowych, lecz jakoby „w UJ” a dokładniej w samej tarczy na herbie, która symbolizuje naszą uczelnię. Niegdyś w jamie zamkowej znajdowała się karczma – tu od razu nasuwa się skojarzenie z karczmami organizowanymi przez Bractwo, dlatego też w jamie zawarty jest skrót BCS.
Nie mogło też zabraknąć eskulapa, ponieważ pomysł utworzenia samego bractwa powstał na Wydziale Lekarskim CM UJ w głowach dwóch medyków. Eskulap leży zatem u podstaw – na samym dole jamy.
Nasza dewiza – IN VARIETATE UNITAS – W RÓŻNORODNOŚCI JEDNOŚĆ!
Tarczę herbową wieńczy korona herbowa oraz hełm – czapka nam i hełmem i koroną, dlatego w pełnej okazałości widnieje nad tarczą. Ważna jest również szyszka chmielu oraz dwa liście „wychodzące” z czapki. Z jednej strony jest symbolem naszego chrztu, a z drugiej strony w rozszerzonej wersji herbu chmiel przeradza się również w labry dookoła czapki.
Projekt został wykonany dzięki dofinansowaniu Samorządu Studentów Uniwersytetu Jagiellońskiego.
W końcu w 2018 roku nasi założyciele – Tadeusz Hessel oraz Kasper Krawet, którzy mimo ukończonych studiów nadal aktywnie wspierają Bractwo, zlecili zaprojektowanie herbu zgodnego z zasadami heraldyki. Autorem obecnego herbu jest Robert Fidura, tworzący herby prywatne, gmin i miast w porozumieniu z komisją heraldyczną MSWiA.
Blazon: w polu błękitnym pantera ze skrzydłami, ogonem, szyją i tułowiem smoka, wspięta, srebrna w uzbrojeniu złotym, ziejąca takimż płomieniem, trzymająca w obu łapach takież berło rektorskie w słup. W klejnocie nad hełmem przykrytym czapką studencką dwa skrzyżowane berła zwieńczone szyszkami chmielowymi, złote. Labry błękitne, podbite srebrem. Dewiza: IN VARIETATE UNITAS